โชนังเต็มไปด้วยแหล่งโบราณคดีจากยุคโจมง ยุคยาโยอิ และยุคโคฟุง ภายใต้การปฏิรูปริตสึเรียวในยุคนาระ พื้นที่ที่เป็นโชนังในปัจจุบันได้กลายเป็นส่วนหนึ่งของแคว้นคาซูซะ มีการตั้งวัดในพุทธนิกายเท็นไดสองแห่งในช่วงเวลานี้ ได้แก่ วัดคาซาโมริจิ และวัดโชฟูกูจิ ในตอนท้ายของยุคเฮอัง พื้นที่นี้อยู่ภายใต้การควบคุมของผู้นำทหาร ไทระ โนะ ทาดัตสึเนะ และได้รับช่วงควบคุมพื้นที่ต่อโดยทายาทในยุคคามากูระ ในปี 1456 ตระกูลทาเกดะได้สร้างปราสาทโชนังขึ้น ต่อมาหลังจากการก่อตั้งรัฐบาลโชกุนโทกูงาวะ โชนันได้กลายเป็นศูนย์กลางการกระจายสินค้าหลัก ที่เด่นที่สุดก็คือเกลือ โดยผ่านคาบสมุทรโบโซ[4] เมืองโชนันในปัจจุบันก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 11 กุมภาพันธ์ 1955 จากการรวมเมืองโชนังเดิมกับหมู่บ้านข้างเคียง ได้แก่ นิชิมูระ ฮิงาชิมูระ และโทโยซากะ